Керівництво
Відділ забезпечення діяльності Служби
Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації
Слідче управління фінансових розслідувань
Управління боротьби з фінансовими злочинами
Відділ аналітичної роботи, прогнозування та оцінки ризиків
Управління координаційного забезпечення податкової міліції
Відділ роботи з персоналом
Сектор фінансово-бухгалтерського забезпечення
Сектор правового забезпечення
Сектор матеріально-технічного забезпечення
Управління внутрішньої безпеки
Сектор запобігання та виявлення корупції