01 Управління організації роботи

02 Відділ охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації

03 Управління матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури

04 Управління по роботі з персоналом

05 Управління фінансування, бухгалтерського обліку та звітності

07 Управління моніторингу доходів та обліково-звітних систем

08 Управління обслуговування платників

09 Управління інформаційних технологій

10 Юридичне управління

12 Управління податків і зборів з юридичних осіб

13 Управління податків і зборів з фізичних осіб

14 Управління аудиту

16 Управління боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом

17 Управління погашення боргу

21 Оперативне управління

23 Слідче управління фінансових розслідувань

25 Відділ з питань запобігання та виявлення корупції

27 Управління комунікацій

40 Управління контролю за обігом та оподаткуванням підакцизних товарів

50 Білоцерківське управління

51 Бориспільське управління

52 Броварське управління

53 Вишгородське управління

54 Києво - Святошинське управління

55 Обухівське управління

56 Ірпінське управління

57 Васильківське управління